Figlio di un concessionario di motociclette, Andre Malherbe ha iniziato a correre in tenera età e ha conseguito la licenza di corsa nel 1973. Ha guidato una Zundapp per vincere il Campionato Europeo Motocross 125cc nel 1973 e 1974. Prima di passare alla classe 250 nel 1977, dove ha è arrivato terzo nel Campionato del Mondo 250cc
Andre è poi passato alla classe 500 nel 1978 e ha concluso al sesto posto per il team KTM. Nel 1979 fu scelto dal team ufficiale Honda, dove si unì a Graham Noyce. Noyce avrebbe vinto il Campionato del Mondo 1979 del 500 davanti a Gerritt Wolsink della Suzuki. Andre Malherbe era terzo.
Nel 1980, ha conquistato il suo primo Campionato del Mondo 500 e ha difeso con successo il suo titolo nel 1981 e nel 1984. Al momento del suo ritiro, Malherbe era quarto nella lista dei vincitori di tutti i tempi.
Dopo la fine della sua carriera nel motocross, corre la 1987 ore di Spa del 24 nel World Touring Car Championship ed era interessato a una carriera nelle corse automobilistiche. Ma ha rivolto la sua attenzione alle corse di rally. Sfortunatamente, mentre gareggiava nel Rally Parigi-Dakar del 1988, cadde e subì un grave infortunio alla colonna vertebrale e rimase paralizzato. Nonostante fosse costretto su una sedia a rotelle, Andre è tornato al motocross per dirigere il team privato Johnson Honda 500GP con George Jobe come pilota del team nel 1989.
Con la scomparsa di Andre Malberbe, tutti i campioni del mondo 500 belga degli anni '1980 sono scomparsi: Andre Malberbe (1980, 1981 e 1984), Eric Geboers (1988-1990) e Georges Jobe (1987, 1991-1992).