Filho de um negociante de motocicletas, André Malherbe começou a correr muito jovem e obteve sua licença de corrida em 1973. Ele pilotou um Zundapp para vencer o Campeonato Europeu de Motocross de 125cc em 1973 e 1974. Antes de passar para a classe 250 em 1977, onde ele terminou em terceiro no Campeonato do Mundo de 250cc
André então passou para a classe 500 em 1978 e terminou em sexto lugar para a equipe KTM. Em 1979, ele foi contratado pela equipe Honda de fábrica, onde se juntou a Graham Noyce. Noyce venceria o Campeonato Mundial 1979 de 500 à frente de Gerritt Wolsink da Suzuki. André Malherbe foi o terceiro.
Em 1980, ele conquistou seu primeiro Campeonato Mundial 500 e defendeu com sucesso seu título em 1981 e em 1984. Na época de sua aposentadoria, Malherbe era o quarto na lista de vencedores de todos os tempos.
Depois que sua carreira no motocross terminou, ele correu nas 1987 horas de Spa de 24 no Campeonato Mundial de Carros de Turismo e estava interessado em uma carreira no automobilismo. Mas ele voltou sua atenção para as corridas de Rally. Infelizmente, enquanto competia no Rally Paris-Dakar de 1988, ele caiu e sofreu uma grave lesão na coluna e ficou paralisado. Apesar de estar confinado a uma cadeira de rodas, Andre voltou ao motocross para comandar a equipe privada Johnson Honda 500GP com George Jobe como piloto da equipe em 1989.
Com a morte de Andre Malberbe, todos os 500 campeões mundiais belgas da década de 1980 se foram - Andre Malberbe (1980, 1981 e 1984), Eric Geboers (1988-1990) e Georges Jobe (1987, 1991-1992).